Una breve introducción a Galaxy

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</span></div>

</span></div>

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# Una breve introducción a Galaxy

<div class="contributors-line">
		<a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=36" alt="Saskia Hiltemann avatar" width="36" class="avatar" />
    Saskia Hiltemann</a><a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=36" alt="Helena Rasche avatar" width="36" class="avatar" />
    Helena Rasche</a><a href="/training-material/hall-of-fame/nsoranzo/" class="contributor-badge contributor-nsoranzo"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/nsoranzo?s=36" alt="Nicola Soranzo avatar" width="36" class="avatar" />
    Nicola Soranzo</a><a href="/training-material/hall-of-fame/nomadscientist/" class="contributor-badge contributor-nomadscientist"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/nomadscientist?s=36" alt="Wendi Bacon avatar" width="36" class="avatar" />
    Wendi Bacon</a>
	</div>

</div>

<div class="footnote" style="bottom: 8em;">
  <i class="far fa-calendar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">last_modification</span> Última modificación:   
  
</div>

<div class="footnote" style="bottom: 5em;">

<i class="far fa-play-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">video-slides</span> <a href="/training-material/videos/watch.html?v=/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/slides_CAT_ES">Diapositivas en video</a> |

<i class="fas fa-file-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">text-document</span><a href="slides-plain_ES.html"> Diapositivas en modo texto</a> |

</div>

<div class="footnote" style="bottom: 2em;">
    <strong>Consejo: </strong>Presiona <kbd>P</kbd> para visualizar las notas del presentador
    | <i class="fa fa-arrows" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">arrow-keys</span> Usa las flechas del teclado para cambiar de diapositiva

</div>

???
Las notas del presentador contienen información extra que puede serte de utilidad si vas a presentar estas diapositivas.

Presiona `P` de nuevo para ir a las notas del presentador.

Presiona `C` para crear una ventana nueva donde se visualizará la misma presentación.

Esta ventana está vinculada a la ventana principal. Si cambias las diapositivas en una, las otras cambiarán también.

Útil para dar una presentación.

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### <i class="far fa-question-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">question</span> Preguntas

- ¿Qué es Galaxy?

- ¿Por qué debería usar Galaxy?

- ¿Cómo uso Galaxy?

- ¿Cómo puedo conectarme con la comunidad Galaxy?

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# ¿Qué es Galaxy?

???

¿Qué es Galaxy?

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![Galaxy Logo](/training-material/shared/images/galaxy_logo_25percent_transparent.png)

** Análisis intensivo de datos * para todas **

.pull-left[
- Plataforma ** Análisis de datos **
- Basado en web
- **Fácil de usar
- ** Gratis ** y de código abierto

- Muchas herramientas (~8000)
- Popular (&gt; 10.000 [publicaciones](https://www.zotero.org/groups/1732893/galaxy))
- Amplios [tutoriales](https://training.galaxyproject.org) disponibles

]

.pull-right[
![infografía de ciencia de datos](/training-material/topics/introduction/images/data_science.jpg) 
]

.footnote[Página principal: [galaxyproject.org](https://galaxyproject.org)]

???

- Galaxy es una plataforma de análisis de datos basada en web.
- Es fácil de usar y completamente gratis.
- Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas de análisis.
- Galaxy es muy utilizado. Actualmente cuenta con más de diez mil publicaciones.

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# ¿Por qué usar Galaxy?

- Es fácil**!
     - Sin instalación, todo lo que necesita es un navegador.
     - Sin comandos complejos, ¡solo apunte y haga clic!

- Hace que su investigación sea ** reproducible **
     - Galaxy realiza un seguimiento de todos los detalles del análisis

- ** Dominio cruzado **: bioinformática, química, ecología, ciencia del clima, ..

![Banner de recursos Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/titleless-use-resource-banner.png)

???

- El análisis de datos puede ser muy complejo.
- A menudo requiere conocimientos de programación especializados o habilidades de línea de comandos.
- Galaxy hace que esto sea mucho más fácil al proporcionar una interfaz de usuario basada en web para herramientas de análisis de datos populares.
- Esto significa que no tiene que instalar nada, simplemente abra su navegador y vaya a Galaxy.
- Galaxy también lo ayuda a hacer que su investigación sea reproducible al realizar un seguimiento de los pasos de su análisis.
- Galaxy admite muchos dominios científicos diferentes.

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# ¿Cómo uso Galaxy?

???

- ¿Cómo uso Galaxy?

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# Encuentra un servidor Galaxy

- ** Los tres grandes **: Galaxy France ([UseGalaxy.fr](https://usegalaxy.fr)), Galaxy Main ([UseGalaxy.org](https://usegalaxy.org)), Galaxy Australia ([UseGalaxy.org.au](https://usegalaxy.org.au)), Galaxy Europe ([UseGalaxy.eu](https://usegalaxy.eu))

.image-75[![usegalaxy.* servidores](/training-material/shared/images/usegalaxy_servers.png)]

- Muchas otras galaxias más pequeñas, a menudo de dominio específico disponibles (125+)
  - Lista de todas las galaxias públicas: [galaxyproject.org/use](https://galaxyproject.org/use/)

???

- Hay tres servidores Galaxy principales: Galaxy Main, Galaxy Europe y Galaxy Australia.
- Estas tres galaxias cuentan con los equipos más grandes detrás de ellas y ofrecen la mayor cantidad de herramientas y recursos.
- Puede registrar una cuenta de forma gratuita en cualquiera de estos servidores.
- Además, hay muchos servidores Galaxy más pequeños para elegir.
- Muchos de estos son específicos del dominio. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se centra en herramientas y flujos de trabajo de proteómica.
- Muchas universidades y otras instituciones tienen servidores privados locales.

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# La interfaz Galaxy

- Tres paneles principales
   - ** Izquierda: ** Herramientas disponibles
   - ** Medio: ** Vea sus datos y ejecute herramientas
   - ** Derecha: ** Registro completo de su análisis ** historial **

![Interfaz de usuario de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_interface.png)

???

- La interfaz de usuario de Galaxy consta de tres partes principales.
- A la izquierda está la lista de herramientas disponibles.
- En el panel central, ejecutará sus herramientas de análisis y verá sus datos y resultados.
- A la derecha hay un registro completo de su historial de análisis.

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# Subiendo datos

.pull-left[
- Sube desde ** tu computadora **

- Importar archivos ** desde URL **

- Importar desde ** almacenes de datos públicos **
   - UCSC, NCBI, ENA, muchos más ..

]

.pull-right[
![Botón de carga de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/upload-data.png)
]

???

- El primer paso de un análisis es introducir sus datos en Galaxy.
- Esto se puede hacer de varias maneras.
- Puede cargar archivos desde su computadora.
- O puede ingresar una URL de Internet y Galaxy descargará los datos por usted.
- Además, Galaxy puede importar datos directamente desde muchos almacenes de datos en línea como UCSC, NCBI y muchos más.

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# Historia

.pull-left[
- El ** historial ** recopila todos los archivos de su análisis

- Tres botones
     - <i class="far fa-eye" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-eye</span> ** Ver ** el archivo
     - <i class="fas fa-pencil-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-pencil</span> ** Editar atributos **
         - p.ej. cambiar nombre
     - <i class="fas fa-trash" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-delete</span> ** Eliminar archivo **

- Haga clic para ampliar**
    - informacion del archivo
        - formato, tamaño, ..
    - vista previa del documento
    - opciones de archivo
        - descargar, visualizar, ..
]

.pull-right[
![expandiendo un conjunto de datos](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_history_dataset_expand.gif)
]

???

- Todos los archivos que cargue aparecerán en su historial.
- Hay 3 botones en cada conjunto de datos de su historial.
- El icono de ojo le permite ver el conjunto de datos. Esto se mostrará en el panel central de Galaxy.
- El icono de lápiz le permite editar los atributos del archivo. Por ejemplo, puede cambiar el nombre del archivo aquí.
- El icono de la cruz le permite eliminar el conjunto de datos de su historial.
- También puede hacer clic en el conjunto de datos para expandirlo. Esto mostrará más información y más opciones.

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# Encontrar una herramienta

.pull-left[

- Explore las secciones del panel de herramientas
- Ingrese el nombre en el cuadro ** Búsqueda de herramientas **
]

.pull-right[
![cuadro de búsqueda de herramientas](/training-material/topics/introduction/images/tool_search.png)
]

<br>

- <i class="far fa-star" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-star</span> ** Destaca ** tus herramientas favoritas para que sea más fácil encontrarlas

! [agregue una herramienta a sus favoritos haciendo clic en el ícono de estrella](/training-material/topics/introduction/images/tool_favorite.png)

???

- Una vez que se cargan sus datos, está listo para ejecutar herramientas.
- Puede encontrar herramientas explorando la lista de herramientas de la izquierda.
- Si ya conoce el nombre de la herramienta que desea utilizar, puede ingresarlo en el cuadro de búsqueda en la parte superior del panel de herramientas.
- Si ha encontrado una herramienta que le gusta, puede agregarla a sus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte superior de la herramienta.

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# Ejecutando una herramienta

.pull-left[
- Elija ** archivos de entrada **
- Establecer la herramienta ** parámetros **
- ** Ejecutar **

- Debajo del formulario de la herramienta:
     - información de ayuda
     - Cita de herramienta

]

.pull-right[
![interfaz de herramienta](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_tool.png)
]

???

- Cuando haces clic en una herramienta, se mostrará en el panel central.
- Aquí puede seleccionar sus archivos de entrada y establecer los parámetros de la herramienta.
- Luego puede presionar el botón Ejecutar para iniciar la herramienta.
- Las versiones anteriores de una herramienta generalmente se mantienen disponibles para garantizar la reproducibilidad.

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# Resultados de analisis

.pull-left[
- Las salidas de herramientas se agregan al historial

- Diferentes estados del conjunto de datos
    - <span style="background-color: lightgrey"> esperando </span>, <span style="background-color: orange"> corriendo </span>, <span style="background-color: lightgreen">éxito</span>, <span style="background-color: red">fallido</span>

- Expandir para ver más opciones
     - <i class="far fa-save" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-save</span> ** Descargar ** conjunto de datos
     - <i class="fas fa-info-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-info</span> ** Información ** sobre la ejecución de la herramienta
     - <i class="fas fa-redo" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-refresh</span> ** Reload ** herramienta con los mismos parámetros
     - <i class="fas fa-chart-column" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-barchart</span> ** Visualizar ** conjunto de datos

- ¿Conjunto de datos rojo?
          - <i class="fas fa-bug" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-bug</span> Haga clic en el icono de error
            - ver mensaje de error
            - enviar informe de error
]

.pull-right[
![ejecución de herramienta de ejemplo](/training-material/topics/introduction/images/tool_run.gif)
]

???

- Los resultados del análisis se agregarán a su historial.
- Verá que estos archivos de salida pasan por varios estados.
- Cuando un conjunto de datos está gris, significa que está esperando para ejecutarse.
- Cuando se vuelve naranja, significa que la herramienta está funcionando.
- Cuando la herramienta esté terminada, las salidas se volverán verdes si la herramienta se ejecutó correctamente.
- A continuación, puede hacer clic en el elemento del historial para obtener más información y opciones.
- Por ejemplo, puede descargar el archivo a su computadora.
- O puede recargar la herramienta con los mismos parámetros.
- También hay una opción para visualizar sus datos.
- Si hubo un problema con la herramienta, se volverá roja.
- Puede hacer clic en el icono de error para ver el mensaje de error o enviar un informe de error a los administradores de Galaxy.

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# Visualizaciones

- Galaxy tiene muchas opciones para visualizar datos

![Ejemplos de 6 visualizaciones diferentes en galaxias con un MSA, un par de gráficos, estructura de ARN y visualizaciones en 3D de proteínas](/training-material/topics/dev/images/charts_examples2.png)

???

- Galaxy ofrece varias formas de visualizar sus conjuntos de datos según su formato.
- Por ejemplo, los datos de proteínas PDB se pueden ver en un visor 3D.

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# Análisis múltiples

- ¿Comenzando un nuevo análisis? Crea un nuevo historial <i class="fas fa-plus" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">new-history</span>
- Puedes tener tantas historias como quieras
- Descripción general de todas sus historias <i class="fas fa-columns" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-history</span>
- Los buenos nombres para sus historias ayudan a realizar un seguimiento de sus análisis

! [vista de historial múltiple](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_interface_multiple_histories.png)

???

- Cuando desee iniciar un nuevo análisis, cree un nuevo historial utilizando el icono más en la parte superior del panel del historial.
- Siempre puede volver a una historia antigua y no hay límite en la cantidad de historias que puede crear.
- Hay disponible una descripción general de sus historiales donde puede copiar archivos fácilmente.
- Copiar conjuntos de datos en lugar de volver a cargarlos le permite ahorrar en su cuota.
- Dar buenos nombres a sus historias le ayudará a realizar un seguimiento de sus análisis '

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# Flujos de trabajo

- Ejecute ** análisis de un extremo a otro ** con un solo clic

![Interfaz de flujo de trabajo](/training-material/topics/introduction/images/101_28.png)

- ** Extracto ** de un historial
- ** Construya manualmente ** con el editor de flujo de trabajo
- ** Importar ** un flujo de trabajo compartido

???

- Los flujos de trabajo le permiten ejecutar sus análisis con mucha facilidad.
- Hay varias formas de crear un flujo de trabajo.
- Los flujos de trabajo se pueden extraer automáticamente de un historial.
- Esto significa que realiza el análisis manualmente una vez y luego puede repetirlo fácilmente en diferentes datos de entrada.
- También puede crear flujos de trabajo a mano utilizando el editor de flujo de trabajo para conectar las herramientas.
- O puede importar un flujo de trabajo que otra persona haya compartido con usted.

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# Intercambio

- Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy
     - Historias, flujos de trabajo, visualizaciones

- Opciones para compartir
     - Compartir con usuarios específicos
     - Compartir a través de un enlace
     - * Publicar * para que sea visible para todos

![menú de datos compartidos](/training-material/topics/introduction/images/shared_data.png)

???

- Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir.
- Puede compartir su historial, su flujo de trabajo y sus visualizaciones.
- Hay diferentes formas de compartir tu trabajo.
- Puede compartirlo con usuarios específicos de Galaxy.
- O puede obtener un enlace para compartir que puede enviar a cualquier persona.
- Si publica su trabajo, será visible para todos.

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# Aprendiendo Galaxy

- Materiales de formación Galaxy([training.galaxyproject.org](https://training.galaxyproject.org))

![Captura de pantalla de la página de estadísticas de gtn con 21 temas, 170 tutoriales, 159 colaboradores, 16 temas científicos y una comunidad en crecimiento](/training-material/topics/introduction/images/gtn_stats.png)

???

- Si desea obtener más información sobre Galaxy, hay una gran cantidad de tutoriales disponibles.
- Estos tutoriales cubren una amplia gama de dominios científicos.

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# Obteniendo ayuda

- ** Foro de ayuda **([help.galaxyproject.org](https://help.galaxyproject.org))

![Ayuda de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_help.png)

- ** Gitter Chat **
       - [Chat principal](https://gitter.im/galaxyproject/Lobby)
       - [Galaxy Training Chat](https://gitter.im/Galaxy-Training-Network/Lobby)
       - Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores, administradores)
???

- Si se queda atascado, hay formas de obtener ayuda.
- Puede hacer sus preguntas en el foro de ayuda.
- O puede chatear con la comunidad en Gitter.

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# Únete a un evento

- Muchos eventos de Galaxy en todo el mundo.
- Horizonte de eventos: [galaxyproject.org/events](https://galaxyproject.org/events)

! [Programación del evento](/training-material/topics/introduction/images/event_horizon.png)

???

- Hay eventos frecuentes de Galaxy en todo el mundo.
- Puede encontrar los próximos eventos en Galaxy Event Horizon.

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### <i class="fas fa-key" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">keypoints</span> Puntos clave

- Galaxy te permite realizar análisis de datos complejos directamente desde tu navegador

- Estos análisis son reproducibles; Galaxy realiza un seguimiento de todos los detalles de su análisis

- Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa

- Hay muchos materiales de formación disponibles para aprender Galaxy

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## Gracias!

Este material es resultado de trabajo colaborativo. ¡Agradecimientos a Galaxy Training Network y a todos los contribuidores!

<div class="contributors-line">
		Autores: <a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=36" alt="Saskia Hiltemann avatar" width="36" class="avatar" />
    Saskia Hiltemann</a><a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=36" alt="Helena Rasche avatar" width="36" class="avatar" />
    Helena Rasche</a><a href="/training-material/hall-of-fame/nsoranzo/" class="contributor-badge contributor-nsoranzo"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/nsoranzo?s=36" alt="Nicola Soranzo avatar" width="36" class="avatar" />
    Nicola Soranzo</a><a href="/training-material/hall-of-fame/nomadscientist/" class="contributor-badge contributor-nomadscientist"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/nomadscientist?s=36" alt="Wendi Bacon avatar" width="36" class="avatar" />
    Wendi Bacon</a>
	</div>

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</div>

GTN Framework tiene licencia del MIT <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">Creative Commons Attribution 4.0 International License</a>.<br/>