Una Breve Introducción a Galaxy

name: inverse
layout: true
class: center, middle, inverse

</span></div>

</span></div>

---

# Una Breve Introducción a Galaxy

<div class="contributors-line">
		
	
<ul class="text-list">
			
			<li>
				<a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=36" alt="Saskia Hiltemann avatar" width="36" class="avatar" />
    Saskia Hiltemann</a>
			<li>
				<a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=36" alt="Helena Rasche avatar" width="36" class="avatar" />
    Helena Rasche</a>
			<li>
				<a href="/training-material/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge contributor-npalopoli"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli?s=36" alt="Nicolas Palopoli avatar" width="36" class="avatar" />
    Nicolas Palopoli</a>
			<li>
				<a href="/training-material/hall-of-fame/jrr-cpt/" class="contributor-badge contributor-jrr-cpt"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/jrr-cpt?s=36" alt="Jolene Ramsey avatar" width="36" class="avatar" />
    Jolene Ramsey</a></li>
</ul>

</div>

<div class="footnote" style="bottom: 8em;">
  <i class="far fa-calendar" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">last_modification</span> Última modificación:   
  
</div>

<div class="footnote" style="bottom: 5em;">

<i class="far fa-play-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">video-slides</span> <a href="/training-material/videos/watch.html?v=/introduction/tutorials/galaxy-intro-short/slides_ES">Diapositivas en video</a> |

<i class="fas fa-file-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">text-document</span><a href="slides-plain_ES.html"> Diapositivas en modo texto</a> |

</div>

<div class="footnote" style="bottom: 2em;">
    <strong>Consejo: </strong>Presiona <kbd>P</kbd> para visualizar las notas del presentador
    | <i class="fa fa-arrows" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">arrow-keys</span> Usa las flechas del teclado para cambiar de diapositiva

</div>

???
Las notas del presentador contienen información extra que puede serte de utilidad si vas a presentar estas diapositivas.

Presiona `P` de nuevo para ir a las notas del presentador.

Presiona `C` para crear una ventana nueva donde se visualizará la misma presentación.

Esta ventana está vinculada a la ventana principal. Si cambias las diapositivas en una, las otras cambiarán también.

Útil para dar una presentación.

---

### <i class="far fa-question-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">question</span> Preguntas

- ¿Qué es Galaxy?

- ¿Por qué debería usar Galaxy?

- ¿Cómo uso Galaxy?

- ¿Cómo puedo conectarme con la Comunidad Galaxy?

---

# ¿Qué es Galaxy?

???

¿Qué es Galaxy?

---

![Galaxy Logo](/training-material/shared/images/galaxy_logo_25percent_transparent.png)

** *Análisis* de datos intensivos para todos**

.pull-left[
- Plataforma para **Análisis de Datos**
- Basado en la Web
- **Fácil** de usar
- **Gratis** y de Código Abierto

- Muchas herramientas (~8000)
- Popular (&gt;10.000 [publicaciones](https://www.zotero.org/groups/1732893/galaxy))
- Extensos [tutoriales](https://training.galaxyproject.org) disponibles

]

.pull-right[
![infografía de ciencia de datos](/training-material/topics/introduction/images/data_science.jpg) 
]

.footnote[Página principal: [galaxyproject.org](https://galaxyproject.org)]

???

- Galaxy es una plataforma web para el análisis de datos.
- Es fácil de usar y completamente gratis.
- Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas para análisis.
- Galaxy se usa extensamente. Actualmente tiene más de diez mil publicaciones.

---

# ¿Por qué usar Galaxy?

- Es **fácil**!
    - No se necesita instalación, solamente un navegador.
    - No hay comandos complejos, ¡simplemente apunta y haz clic!

- Es **reproducible**
    - Galaxy mantiene un registro de los detalles del análisis.

- **Multidisciplinar**: bioinformática, química, ecología, climatología, ..

![Banner de recursos de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/titleless-use-resource-banner.png)

???

- Análisis de datos puede ser muy complejo.
- Muchas veces requiere conocimiento especializado de programación o habilidades en la interfaz de línea de comandos.
- Galaxy facilita el trabajo proveyendo una interfaz gráfica de usuario para herramientas populares en análisis de datos.
- Galaxy se basa en la web. Esto significa que no tienes que instalar nada, solamente abre tu navegador y accede a Galaxy.
- Galaxy apoya muchas disciplinas científicas diferentes.

---

# ¿Cómo uso Galaxy?

???

- ¿Cómo uso Galaxy?

---

# Encontrar un servidor de Galaxy

- **Las Tres Grandes**: Galaxy Principal ([usegalaxy.org](https://usegalaxy.org)), Galaxy Europa ([usegalaxy.eu](https://usegalaxy.eu)), Galaxy Australia ([usegalaxy.org.au](https://usegalaxy.org.au))

.image-75[![servidores usegalaxy.*](/training-material/shared/images/usegalaxy_servers.png)]

- Existen muchos más servidores de Galaxy dedicados a ámbitos específicos (125+)
 - Lista de todas los servidores públicos de Galaxy: [galaxyproject.org/use](https://galaxyproject.org/use/)

???

- Hay tres servidores principales. Son Galaxy Principal, Galaxy Europa, y Galaxy Australia.
- Estas tres Galaxies tienen los equipos más grandes detrás de ellos, y ofrecen la mayoría de las herramientas y recursos.
- Puedes acceder a una cuenta gratis en cualquiera de estos servidores.
- Además, hay muchos servidores más pequeños donde elegir.
- Muchos de ellos se dedican a una disciplina. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se enfoca en las herramientas y workflows de la proteómica.

---

# La interfaz de Galaxy

- Los tres paneles principales
  - **Izquierdo:** Herramientas disponibles
  - **Centro:** Ver tus datos y ejecutar una herramienta
  - **Derecho:** Registro completo de tus análisis **historia**

![Interfaz del usuario de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_interface.png)

???

- La interfaz para el usuario de Galaxy consiste en tres partes principales.
- A izquierda, se muestra la lista de herramientas disponibles.
- En el panel central ejecutarás tus herramientas de análisis y verás tus datos y resultados.
- A la derecha hay un registro completo de la historia de tus análisis.

---

# Cargar datos

.pull-left[
- Cargar desde **tu ordenador**

- Importar archivos **desde enlace URL**

- Importar desde **almacenajes de datos públicos**
  - UCSC, NCBI, ENA, muchos más..

]

.pull-right[
![Botón para cargar de Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/upload-data.png)
]

???

- El primer paso de un análisis es cargar tus datos en Galaxy.
- Esto se puede hacer de varias maneras.
- Puedes cargar archivos desde tu ordenador.
- O puedes usar un enlace URL, y Galaxy descargará los datos desde allí.
- Aún más, Galaxy puede importar datos directamente de varios almacenajes de datos en línea, por ejemplo UCSC, NCBI, y muchos más.

---

# Historia

.pull-left[
- Archivos aparecen en tu **historia**

- Tres botones
    - <i class="far fa-eye" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-eye</span> **Ver** el archivo
    - <i class="fas fa-pencil-alt" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-pencil</span> **Editar atributos**
        - p.ej. cambiar nombre
    - <i class="fas fa-trash" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-delete</span> **Borrar archivo**

- Hacer clic para **expandir**
    - información sobre el archivo
       - formato, tamaño ...
    - vista previa del archivo
    - opciones del archivo
       - descargar, visualizar ...

]

.pull-right[
![expandir un conjunto de datos](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_history_dataset_expand.gif)
]

???

- Todos los archivos que cargas aparecerán en tu historia.
- Hay tres botones en cada conjunto de datos en tu historia.
- El icono del ojo te deja ver el conjunto de datos. Esto aparecerá en el panel central de Galaxy.
- El icono del lápiz te deja editar los atributos del archivo. Por ejemplo puedes cambiar el nombre del archivo aquí.
- El icono de la equis te deja borrar el conjunto de datos de tu historia.
- Puedes hacer clic para expandir el conjunto de datos. Esto dará más información y opciones.

---

# Encontrar una herramienta

.pull-left[

- Explorar las secciones del panel de herramientas
- Teclear un nombre en el campo **Buscar herramientas**
]

.pull-right[
![el campo de buscar herramientas](/training-material/topics/introduction/images/tool_search.png)
]

<br>

- <i class="far fa-star" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-star</span> **Star** (añadir una estrella) a tus herramientas favoritas para encontrarlas más fácilmente.

![añadir una herramienta a tus favoritos haciendo clic en el icono de la estrella](/training-material/topics/introduction/images/tool_favorite.png)

???

- Después de cargar tus datos, estás listo para ejecutar herramientas.
- Puedes encontrar herramientas explorando la lista a la izquierda.
- Si ya conoces el nombre de la herramienta que quieres usar, puedes teclearlo en el campo de búsqueda que se ubica en la parte de arriba del panel de herramientas.
- Si has encontrado una herramienta que te gusta, puedes añadirla a tus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte de arriba de la herramienta.

---

# Ejecutar una herramienta

.pull-left[
- Elegir los **archivos de entrada**
- Establecer **paramétros** de la herramienta
- **Ejecutar**

- Debajo del formulario de la herramienta:
    - Ayuda
    - Cita de la herramienta

]

.pull-right[
![Interfaz de la herramienta](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_tool.png)
]

???

- Cuando hagas clic en la herramienta, aparecerá en el panel del centro.
- Aquí puedes seleccionar tus archivos de entrada e indicar los parámetros para la herramienta.
- Luego puedes hacer clic en el botón ‘ejecutar’ para iniciar la herramienta.

---

# Resultados del análisis

.pull-left[
- Salidas de la herramienta se añaden a la historia

- Estados diferentes de los conjuntos de datos
    - <span style="background-color: lightgrey"> esperando </span>, <span style="background-color: orange"> ejecutando </span>, <span style="background-color: lightgreen">éxito</span>, <span style="background-color: red">fallado</span>

- Expandir para más opciones
    - <i class="far fa-save" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-save</span> **Descargar** conjunto de datos
    - <i class="fas fa-info-circle" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-info</span> **Información** sobre la ejecución de una herramienta
    - <i class="fas fa-redo" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-refresh</span> **Recargar** herramienta con los mismos parámetros
    - <i class="fas fa-chart-column" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-barchart</span> **Visualizar** conjunto de datos

- Conjunto de datos rojo?
    - <i class="fas fa-bug" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-bug</span> Hacer clic en icono de insecto
      - ver mensaje de error
      - enviar reporte de error
]

.pull-right[
![ejemplo de la ejecución de una herramienta](/training-material/topics/introduction/images/tool_run.gif)
]

???

- Los resultados del análisis se añadirán a tu historia.
- Verás estos archivos de salida pasando por varios estados.
- Cuando un conjunto de datos está en gris, significa que está esperando para ejecutar.
- Cuando está amarillo, significa que la herramienta está ejecutando.
- Cuando la herramienta termine, las salidas aparecerán verdes si la herramienta se ejecutó con éxito.
- Puedes hacer clic en cada artículo en la historia para más información y opciones.
- Por ejemplo, puedes descargar el archivo a tu ordenador.
- O puedes recargar la herramienta con los mismos parámetros.
- También hay una opción para visualizar tus datos.
- Si hay un problema con la herramienta, el color se convertirá en rojo.
- Puedes hacer clic en el icono del insecto para ver el mensaje de error o enviar un reporte del error a los administradores de Galaxy.

---

# Visualizaciones

- Galaxy tiene muchas opciones para visualizar los datos

![Ejemplos de visualización en Galaxy](/training-material/topics/dev/images/charts_examples2.png)

???

- Galaxy también tiene muchas opciones para visualizar tus conjuntos de datos.
- Dependiendo del tipo de datos, habrá diferentes opciones para visualizar.

---

# Múltiples Análisis

- ¿Empezando un nuevo análisis? Crea una nueva historia <i class="fas fa-plus" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">new-history</span>
- Puedes tener tantas historias como quieras
- Puedes ver todas tus historias <i class="fas fa-columns" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-history</span>
- Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis

![Vista de múltiples historias](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_interface_multiple_histories.png)

???

- Cuando quieres empezar un nuevo análisis, puedes crear una nueva historia usando el icono del signo más en la parte superior del panel de la historia.
- Puedes tener tantas historias como quieras.
- Puedes intercambiar fácilmente entre historias.
- Dar buenos nombres a tus historias ayudará para el seguimiento de tus análisis.

---

# Workflows

- Ejecutar **análisis extremo a extremo** con un clic

![Interfaz de workflow](/training-material/topics/introduction/images/101_28.png)

- **Extraer** de una historia
- **Construir manualmente** con el editor de workflows
- **Importar** un workflow compartido

???

- Los workflows te permiten ejecutar tus análisis fácilmente.
- Hay múltiples maneras de crear un workflow.
- Los workflows se pueden extraer automáticamente de una historia.
- Esto quiere decir que puedes hacer el análisis manualmente solo una vez, y luego repetirlo con diferentes datos de entrada.
- Puedes construir workflows a mano usando el editor.
- O puedes importar un workflow que alguien ha compartido contigo.

---

# Compartir

- Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy
    - Historias, Workflows, y Visualizaciones

- Opciones para compartir
    - Compartir con usuarios específicos
    - Compartir vía enlace
    - *Publicar* para hacerlo visible a todos

![menú de datos compartidos](/training-material/topics/introduction/images/shared_data.png)

???

- Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir.
- Puedes compartir tus historias, tus workflows, y tus visualizaciones.
- Hay diferentes maneras para compartir tu trabajo.
- Lo puedes compartir con usuarios específicos en Galaxy.
- O puedes obtener un enlace para compartir con cualquier persona.
- Si publicas tu trabajo, será visible a todos.

---

# Aprendiendo Galaxy

- Material formativo en Galaxy ([training.galaxyproject.org](https://training.galaxyproject.org))

![Captura de pantalla de la página de estadísticas de GTN con 21 temas, 170 tutoriales, 159 colaboradores, 16 temas científicos y una comunidad en crecimiento](/training-material/topics/introduction/images/gtn_stats.png)

???

- Si deseas aprender más sobre Galaxy, hay un gran número de tutoriales disponibles.
- Estos tutoriales cubren un gran rango de dominios científicos.

---

# Obteniendo Ayuda

- **Foro de Ayuda** ([help.galaxyproject.org](https://help.galaxyproject.org))

![Ayuda con Galaxy](/training-material/topics/introduction/images/galaxy_help.png)

- **Gitter Chat**
    - [Chat principal](https://gitter.im/galaxyproject/Lobby)
    - [Galaxy Training Chat](https://gitter.im/Galaxy-Training-Network/Lobby)
    - Muchos más canales (dominios científicos, desarrolladores y administradores)

???

- Si te bloqueas, hay maneras de conseguir ayuda.
- Puedes hacer tus preguntas en el foro de ayuda.
- O puedes chatear con la comunidad en Gitter.

---

# Únete a un evento

- Muchos eventos de Galaxy a través del globo.
- Eventos en el horizonte: [galaxyproject.org/events](https://galaxyproject.org/events)

![Horario de eventos](/training-material/topics/introduction/images/event_horizon.png)

???

- Hay eventos de Galaxy en todo el mundo, a menudo.
- Puedes encontrar eventos próximos en el Horizonte de Eventos de Galaxy.

---
### <i class="fas fa-key" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">keypoints</span> Puntos clave

- Galaxy te permite hacer complejos análisis de datos directamente desde tu navegador

- Estos análisis son *reproducibles*; Galaxy mantiene registro de todos los detalles de tus análisis

- Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa

- Hay mucho material de entrenamiento disponible para aprender Galaxy

---

## Gracias!

Este material es resultado de trabajo colaborativo. ¡Agradecimientos a Galaxy Training Network y a todos los contribuidores!

<div class="contributors-line">
		
<table class="contributions">
	
	<tr>
		<td><abbr title="These people wrote the bulk of the tutorial, they may have done the analysis, built the workflow, and wrote the text themselves.">Author(s)</abbr></td>
		<td>
			<a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-shiltemann"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=36" alt="Saskia Hiltemann avatar" width="36" class="avatar" />
    Saskia Hiltemann</a><a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-hexylena"><img src="/training-material/assets/images/orcid.png" alt="orcid logo" width="36" height="36"/><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=36" alt="Helena Rasche avatar" width="36" class="avatar" />
    Helena Rasche</a><a href="/training-material/hall-of-fame/npalopoli/" class="contributor-badge contributor-npalopoli"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/npalopoli?s=36" alt="Nicolas Palopoli avatar" width="36" class="avatar" />
    Nicolas Palopoli</a><a href="/training-material/hall-of-fame/jrr-cpt/" class="contributor-badge contributor-jrr-cpt"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/jrr-cpt?s=36" alt="Jolene Ramsey avatar" width="36" class="avatar" />
    Jolene Ramsey</a>
		</td>
	</tr>

<tr class="reviewers">
		<td><abbr title="These people reviewed this material for accuracy and correctness">Reviewers</abbr></td>
		<td>
			<a href="/training-material/hall-of-fame/hexylena/" class="contributor-badge contributor-badge-small contributor-hexylena"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/hexylena?s=36" alt="Helena Rasche avatar" width="36" class="avatar" /></a><a href="/training-material/hall-of-fame/shiltemann/" class="contributor-badge contributor-badge-small contributor-shiltemann"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/shiltemann?s=36" alt="Saskia Hiltemann avatar" width="36" class="avatar" /></a><a href="/training-material/hall-of-fame/beatrizserrano/" class="contributor-badge contributor-badge-small contributor-beatrizserrano"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/beatrizserrano?s=36" alt="Beatriz Serrano-Solano avatar" width="36" class="avatar" /></a><a href="/training-material/hall-of-fame/gallardoalba/" class="contributor-badge contributor-badge-small contributor-gallardoalba"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/gallardoalba?s=36" alt="Cristóbal Gallardo avatar" width="36" class="avatar" /></a><a href="/training-material/hall-of-fame/nomadscientist/" class="contributor-badge contributor-badge-small contributor-nomadscientist"><img src="https://avatars.githubusercontent.com/nomadscientist?s=36" alt="Wendi Bacon avatar" width="36" class="avatar" /></a></td>
	</tr>

</table>

</div>

</div>

GTN Framework tiene licencia del MIT <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">Creative Commons Attribution 4.0 International License</a>.<br/>