Punteggi di qualità
| Author(s) |
 
Bérénice Batut
Natalie Kucher
Helena Rasche
|
| Translation |
Lisanna Paladin
Silvia Di Giorgio
Renato Alves |
Ma cosa significa questo punteggio di qualità?
Il punteggio di qualità per ogni sequenza è una stringa di caratteri, uno per ogni base della sequenza nucleotidica, utilizzata per caratterizzare la probabilità di errata identificazione di ogni base. Il punteggio è codificato utilizzando la tabella dei caratteri ASCII (con alcune differenze storiche):
Per risparmiare spazio, il sequenziatore registra un carattere ASCII per rappresentare i punteggi da 0 a 42. Ad esempio, 10 corrisponde a “+”. Ad esempio, 10 corrisponde a “+” e 40 a “I”. FastQC sa come tradurlo. Questo viene spesso chiamato punteggio “Phred”.
Quindi a ogni nucleotide è associato un carattere ASCII che rappresenta il suo punteggio di qualità Phred, la probabilità di una chiamata di base errata:
| Phred Quality Score | Probability of incorrect base call | Base call accuracy |
|---|---|---|
| 10 | 1 in 10 | 90% |
| 20 | 1 in 100 | 99% |
| 30 | 1 in 1000 | 99.9% |
| 40 | 1 in 10,000 | 99.99% |
| 50 | 1 in 100,000 | 99.999% |
| 60 | 1 in 1,000,000 | 99.9999% |
Cosa rappresenta 0-42? Questi numeri, se inseriti in una formula, ci dicono la probabilità di errore per quella base. Questa è la formula, dove Q è il nostro punteggio di qualità (0-42) e P è la probabilità di errore:
Q = -10 log10(P)
Utilizzando questa formula, possiamo calcolare che un punteggio di qualità di 40 significa solo 0,00010 probabilità di errore!