Aggiunta di un tag
| Author(s) |
 
Bérénice Batut
Wolfgang Maier
Helena Rasche
Saskia Hiltemann
Anton Nekrutenko
|
| Translation |
Lisanna Paladin
Silvia Di Giorgio
Renato Alves |
I dataset possono essere etichettati. Questo semplifica il tracciamento dei dataset nell’interfaccia di Galaxy. I tag possono contenere qualsiasi combinazione di lettere o numeri, ma non possono contenere spazi.
Per etichettare un set di dati:
- fare clic sul set di dati per espanderlo
- Cliccare su Aggiungi tag galaxy-tags
- Aggiungere tag text. I tag che iniziano con
#saranno automaticamente propagati agli output degli strumenti che utilizzano questo set di dati (vedi sotto). - Premere Invio
- verificare che il tag appaia sotto il nome del set di dati
**I tag che iniziano con # sono speciali!
Sono chiamati Name tags. La caratteristica unica di questi tag è che si propagano: se un set di dati è etichettato con un tag name, tutti i derivati (figli) di questo set di dati erediteranno automaticamente questo tag (vedi sotto). La figura seguente spiega perché questo è così utile. Si consideri la seguente analisi (i numeri tra parentesi corrispondono ai numeri dei set di dati nella figura sottostante):
- un insieme di letture forward e reverse (set di dati 1 e 2) viene mappato rispetto a un riferimento utilizzando Bowtie2 generando il set di dati 3;
- il dataset 3 è usato per calcolare la copertura delle letture usando BedTools Genome Coverage separatamente per i filamenti
+e-. Questo genera due set di dati (4 e 5 per il più e il meno, rispettivamente); - i set di dati 4 e 5 sono utilizzati come input per i set di dati Macs2 broadCall che generano i set di dati 6 e 8;
- gli insiemi di dati 6 e 8 vengono intersecati con le coordinate dei geni (insiemi di dati 9) usando BedTools Intersect generando gli insiemi di dati 10 e 11.
Ora si consideri che questa analisi è stata fatta senza tag dei nomi. Questo è mostrato sul lato sinistro della figura. È difficile individuare quali set di dati contengono dati “più” e quali “meno”. Ad esempio, il set di dati 10 contiene dati “positivi” o “negativi”? Probabilmente “meno”, ma ne siete sicuri? Nel caso di una storia di piccole dimensioni, come quella mostrata qui, è possibile tracciarla manualmente, ma con l’aumentare delle dimensioni di una storia diventa molto impegnativo.
La parte destra della figura mostra esattamente la stessa analisi, ma utilizzando i tag dei nomi. Quando è stata condotta l’analisi, i dataset 4 e 5 erano etichettati rispettivamente con #plus e #minus. Quando sono stati utilizzati come input per Macs2, i dataset 6 e 8 li hanno ereditati automaticamente e così via… Di conseguenza, è facile tracciare entrambi i rami (più e meno) di questa analisi.
Maggiori informazioni sono contenute in un tutorial dedicato ai #nametag.