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Una breve introducción a Galaxy



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Preguntas

  • ¿Qué es Galaxy?

  • ¿Por qué debería usar Galaxy?

  • ¿Cómo uso Galaxy?

  • ¿Cómo puedo conectarme con la comunidad Galaxy?

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¿Qué es Galaxy?

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¿Qué es Galaxy?

Galaxy Training Network

Galaxy Logo

Análisis intensivo de datos * para todas

  • Plataforma Análisis de datos
  • Basado en web
  • **Fácil de usar
  • Gratis y de código abierto

infografía de ciencia de datos

Página principal: galaxyproject.org

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  • Galaxy es una plataforma de análisis de datos basada en web.
  • Es fácil de usar y completamente gratis.
  • Galaxy ofrece más de ocho mil herramientas de análisis.
  • Galaxy es muy utilizado. Actualmente cuenta con más de diez mil publicaciones.
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¿Por qué usar Galaxy?

  • Es fácil**!
    • Sin instalación, todo lo que necesita es un navegador.
    • Sin comandos complejos, ¡solo apunte y haga clic!
  • Hace que su investigación sea reproducible
    • Galaxy realiza un seguimiento de todos los detalles del análisis
  • Dominio cruzado : bioinformática, química, ecología, ciencia del clima, ..

Banner de recursos Galaxy

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  • El análisis de datos puede ser muy complejo.
  • A menudo requiere conocimientos de programación especializados o habilidades de línea de comandos.
  • Galaxy hace que esto sea mucho más fácil al proporcionar una interfaz de usuario basada en web para herramientas de análisis de datos populares.
  • Esto significa que no tiene que instalar nada, simplemente abra su navegador y vaya a Galaxy.
  • Galaxy también lo ayuda a hacer que su investigación sea reproducible al realizar un seguimiento de los pasos de su análisis.
  • Galaxy admite muchos dominios científicos diferentes.
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¿Cómo uso Galaxy?

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  • ¿Cómo uso Galaxy?
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Encuentra un servidor Galaxy

  • Muchas otras galaxias más pequeñas, a menudo de dominio específico disponibles (125+)
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  • Hay tres servidores Galaxy principales: Galaxy Main, Galaxy Europe y Galaxy Australia.
  • Estas tres galaxias cuentan con los equipos más grandes detrás de ellas y ofrecen la mayor cantidad de herramientas y recursos.
  • Puede registrar una cuenta de forma gratuita en cualquiera de estos servidores.
  • Además, hay muchos servidores Galaxy más pequeños para elegir.
  • Muchos de estos son específicos del dominio. Por ejemplo, Galaxy Proteomics se centra en herramientas y flujos de trabajo de proteómica.
  • Muchas universidades y otras instituciones tienen servidores privados locales.
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La interfaz Galaxy

  • Tres paneles principales
    • Izquierda: Herramientas disponibles
    • Medio: Vea sus datos y ejecute herramientas
    • Derecha: Registro completo de su análisis historial

Interfaz de usuario de Galaxy

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  • La interfaz de usuario de Galaxy consta de tres partes principales.
  • A la izquierda está la lista de herramientas disponibles.
  • En el panel central, ejecutará sus herramientas de análisis y verá sus datos y resultados.
  • A la derecha hay un registro completo de su historial de análisis.
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Subiendo datos

  • Sube desde tu computadora
  • Importar archivos desde URL
  • Importar desde almacenes de datos públicos
    • UCSC, NCBI, ENA, muchos más ..

Botón de carga de Galaxy

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  • El primer paso de un análisis es introducir sus datos en Galaxy.
  • Esto se puede hacer de varias maneras.
  • Puede cargar archivos desde su computadora.
  • O puede ingresar una URL de Internet y Galaxy descargará los datos por usted.
  • Además, Galaxy puede importar datos directamente desde muchos almacenes de datos en línea como UCSC, NCBI y muchos más.
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Historia

  • El historial recopila todos los archivos de su análisis
  • Tres botones
    • Ver el archivo
    • Editar atributos
      • p.ej. cambiar nombre
    • Eliminar archivo
  • Haga clic para ampliar**
    • informacion del archivo
      • formato, tamaño, ..
    • vista previa del documento
    • opciones de archivo
      • descargar, visualizar, ..

expandiendo un conjunto de datos

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  • Todos los archivos que cargue aparecerán en su historial.
  • Hay 3 botones en cada conjunto de datos de su historial.
  • El icono de ojo le permite ver el conjunto de datos. Esto se mostrará en el panel central de Galaxy.
  • El icono de lápiz le permite editar los atributos del archivo. Por ejemplo, puede cambiar el nombre del archivo aquí.
  • El icono de la cruz le permite eliminar el conjunto de datos de su historial.
  • También puede hacer clic en el conjunto de datos para expandirlo. Esto mostrará más información y más opciones.
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Encontrar una herramienta

  • Explore las secciones del panel de herramientas
  • Ingrese el nombre en el cuadro Búsqueda de herramientas

cuadro de búsqueda de herramientas


  • Destaca tus herramientas favoritas para que sea más fácil encontrarlas

! agregue una herramienta a sus favoritos haciendo clic en el ícono de estrella

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  • Una vez que se cargan sus datos, está listo para ejecutar herramientas.
  • Puede encontrar herramientas explorando la lista de herramientas de la izquierda.
  • Si ya conoce el nombre de la herramienta que desea utilizar, puede ingresarlo en el cuadro de búsqueda en la parte superior del panel de herramientas.
  • Si ha encontrado una herramienta que le gusta, puede agregarla a sus favoritos haciendo clic en la estrella en la parte superior de la herramienta.
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Ejecutando una herramienta

  • Elija archivos de entrada
  • Establecer la herramienta parámetros
  • Ejecutar
  • Debajo del formulario de la herramienta:
    • información de ayuda
    • Cita de herramienta

interfaz de herramienta

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  • Cuando haces clic en una herramienta, se mostrará en el panel central.
  • Aquí puede seleccionar sus archivos de entrada y establecer los parámetros de la herramienta.
  • Luego puede presionar el botón Ejecutar para iniciar la herramienta.
  • Las versiones anteriores de una herramienta generalmente se mantienen disponibles para garantizar la reproducibilidad.
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Resultados de analisis

  • Las salidas de herramientas se agregan al historial
  • Diferentes estados del conjunto de datos
    • esperando , corriendo , éxito, fallido
  • Expandir para ver más opciones
    • Descargar conjunto de datos
    • Información sobre la ejecución de la herramienta
    • Reload herramienta con los mismos parámetros
    • Visualizar conjunto de datos
 - ¿Conjunto de datos rojo?
      - <i class="fas fa-bug" aria-hidden="true"></i><span class="visually-hidden">galaxy-bug</span> Haga clic en el icono de error
        - ver mensaje de error
        - enviar informe de error

ejecución de herramienta de ejemplo

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  • Los resultados del análisis se agregarán a su historial.
  • Verá que estos archivos de salida pasan por varios estados.
  • Cuando un conjunto de datos está gris, significa que está esperando para ejecutarse.
  • Cuando se vuelve naranja, significa que la herramienta está funcionando.
  • Cuando la herramienta esté terminada, las salidas se volverán verdes si la herramienta se ejecutó correctamente.
  • A continuación, puede hacer clic en el elemento del historial para obtener más información y opciones.
  • Por ejemplo, puede descargar el archivo a su computadora.
  • O puede recargar la herramienta con los mismos parámetros.
  • También hay una opción para visualizar sus datos.
  • Si hubo un problema con la herramienta, se volverá roja.
  • Puede hacer clic en el icono de error para ver el mensaje de error o enviar un informe de error a los administradores de Galaxy.
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Visualizaciones

  • Galaxy tiene muchas opciones para visualizar datos

Ejemplos de 6 visualizaciones diferentes en galaxias con un MSA, un par de gráficos, estructura de ARN y visualizaciones en 3D de proteínas

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  • Galaxy ofrece varias formas de visualizar sus conjuntos de datos según su formato.
  • Por ejemplo, los datos de proteínas PDB se pueden ver en un visor 3D.
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Análisis múltiples

  • ¿Comenzando un nuevo análisis? Crea un nuevo historial
  • Puedes tener tantas historias como quieras
  • Descripción general de todas sus historias
  • Los buenos nombres para sus historias ayudan a realizar un seguimiento de sus análisis

! vista de historial múltiple

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  • Cuando desee iniciar un nuevo análisis, cree un nuevo historial utilizando el icono más en la parte superior del panel del historial.
  • Siempre puede volver a una historia antigua y no hay límite en la cantidad de historias que puede crear.
  • Hay disponible una descripción general de sus historiales donde puede copiar archivos fácilmente.
  • Copiar conjuntos de datos en lugar de volver a cargarlos le permite ahorrar en su cuota.
  • Dar buenos nombres a sus historias le ayudará a realizar un seguimiento de sus análisis '
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Flujos de trabajo

  • Ejecute análisis de un extremo a otro con un solo clic

Interfaz de flujo de trabajo

  • Extracto de un historial
  • Construya manualmente con el editor de flujo de trabajo
  • Importar un flujo de trabajo compartido
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  • Los flujos de trabajo le permiten ejecutar sus análisis con mucha facilidad.
  • Hay varias formas de crear un flujo de trabajo.
  • Los flujos de trabajo se pueden extraer automáticamente de un historial.
  • Esto significa que realiza el análisis manualmente una vez y luego puede repetirlo fácilmente en diferentes datos de entrada.
  • También puede crear flujos de trabajo a mano utilizando el editor de flujo de trabajo para conectar las herramientas.
  • O puede importar un flujo de trabajo que otra persona haya compartido con usted.
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Intercambio

  • Puedes compartir todo lo que haces en Galaxy
    • Historias, flujos de trabajo, visualizaciones
  • Opciones para compartir
    • Compartir con usuarios específicos
    • Compartir a través de un enlace
      • Publicar * para que sea visible para todos

menú de datos compartidos

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  • Todo lo que haces en Galaxy se puede compartir.
  • Puede compartir su historial, su flujo de trabajo y sus visualizaciones.
  • Hay diferentes formas de compartir tu trabajo.
  • Puede compartirlo con usuarios específicos de Galaxy.
  • O puede obtener un enlace para compartir que puede enviar a cualquier persona.
  • Si publica su trabajo, será visible para todos.
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Aprendiendo Galaxy

Captura de pantalla de la página de estadísticas de gtn con 21 temas, 170 tutoriales, 159 colaboradores, 16 temas científicos y una comunidad en crecimiento

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  • Si desea obtener más información sobre Galaxy, hay una gran cantidad de tutoriales disponibles.
  • Estos tutoriales cubren una amplia gama de dominios científicos.
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Obteniendo ayuda

Ayuda de Galaxy

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  • Si se queda atascado, hay formas de obtener ayuda.
  • Puede hacer sus preguntas en el foro de ayuda.
  • O puede chatear con la comunidad en Gitter.
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Únete a un evento

! Programación del evento

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  • Hay eventos frecuentes de Galaxy en todo el mundo.
  • Puede encontrar los próximos eventos en Galaxy Event Horizon.

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Puntos clave

  • Galaxy te permite realizar análisis de datos complejos directamente desde tu navegador

  • Estos análisis son reproducibles; Galaxy realiza un seguimiento de todos los detalles de su análisis

  • Galaxy tiene una comunidad de usuarios muy grande y activa

  • Hay muchos materiales de formación disponibles para aprender Galaxy

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Gracias!

Este material es resultado de trabajo colaborativo. ¡Agradecimientos a Galaxy Training Network y a todos los contribuidores!

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GTN Framework tiene licencia del MIT Creative Commons Attribution 4.0 International License.

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Preguntas

  • ¿Qué es Galaxy?

  • ¿Por qué debería usar Galaxy?

  • ¿Cómo uso Galaxy?

  • ¿Cómo puedo conectarme con la comunidad Galaxy?

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