Ce tutoriel vous permettra de mieux appréhender le workflow des indicateurs “champs de blocs”. Cela vous aidera à comprendre les effets des changements globaux et locaux sur les habitats marins, et l’efficacité des mesures de gestion adoptées, nécessite un suivi standardisé et des indicateurs robustes et sensibles reflétant l’état des habitats.
L’habitat “champs de blocs médiolittoraux” abrite une grande diversité de micro-habitats et d’espèces en raison de sa forte hétérogénéité structurelle et de sa position intermédiaire sur l’estran, ce qui en fait l’un des habitats médiolittoraux les plus diversifiés et d’un grand intérêt écologique le long de la Manche. -Côte atlantique. C’est aussi un habitat très attractif pour la pêche récréative qui, par le remaniement des blocs, peut impacter les communautés.
Ainsi, l’habitat « champs de blocs médiolittoraux » a fait l’objet de plusieurs initiatives nationales et locales (dont LIFE+ « Expérimentation pour une gestion durable et concertée de la pêche à pied de loisir en France » 2013-2017) pour mieux évaluer son état et le mettre en relation avec la pression de la pêche à pied en vue d’adapter la gestion locale, notamment à travers le réseau des Aires Marines Protégées (Natura 2000, PNM, PNR etc.).
Ces projets ont notamment permis de développer un réseau d’acteurs et de gestionnaires de terrain impliqués et des outils d’évaluation de l’état écologique et de la pression de la pêche à pied :
le Visual Boulder Turning Indicator (VTI), qui s’apparente à un indicateur « paysage » pour évaluer la pression de pêche sur la base de critères architecturaux ;
le Boulder Field Ecological Quality Index (BFEQ) - objet de ce rapport - basé sur des variables biotiques et abiotiques qui répondent à la perturbation “blocs retournés”.
Ici, nous allons passer en revue les différentes étapes afin d’obtenir ces 2 indicateurs et plus encore.
Vous pouvez quitter le didacticiel et aller vous prélasser sur l’écran principal en cliquant en dehors de l’écran du didacticiel.
Vous pouvez revenir à tout moment là où vous avez laissé le didacticiel en cliquant sur level.
En pratique: Se connecter à Galaxy
Ouvrez votre navigateur internet préféré (Chrome, Safari ou Firefox, s’il vous plaît, pas Edge ;) !!!)
Il s'agit d'une section "Choisissez votre propre didacticiel", où vous pouvez choisir entre plusieurs chemins. Cliquez sur l'un des boutons ci-dessous pour sélectionner la manière dont vous souhaitez suivre le didacticiel
Vos données ESTAMP sont prêtes ?
Télécharger les données depuis la base ESTAMP estamp.afbiodiversite.fr puis rendez-vous dans l’espace “accédez aux données” en bas à droite de la page. Après aplication des critères de filtre, vous obtenez une archive zip.
Dézipper le dossier. Dans le dossier, il y a 3 fichiers .csv qui vont nous intéresser :
champbloc_ivr.csv
champbloc_qecb.csv
ficheterrain.csv
En pratique: Télerversement des données dans Galaxy
Importer les données dans Galaxy
Ouvrir l’outil Galaxy de téléversement de données galaxy-upload
Naviguez dans votre ordinateur et récupérez vos fichiers ESTAMP (sélectionnez les trois fichiers mentionnés précédemment : champbloc_ivr.csv, champbloc_qecb.csv et ficheterrain.csv)
Créez un nouvel historique pour ce tutoriel et donnez-lui un nom (exemple : “Indicateurs de blocs de champs”) pour que vous puissiez le retrouver plus tard si besoin.
To create a new history simply click the new-history icon at the top of the history panel:
Calcul de l’indicateur visuel de retournement de blocs pour chaque site
Basé sur la proportion de blocs « tournés » et « non tournés », cet indicateur varie de 0 à 5 et peut être rapidement utilisé.
En pratique: Utilisation 'un outil Galaxy
cliquer sur le lien de l’outil IVR ( Galaxy version 0.0.0) ou taper ivr dans le module de recherche du panneau d’outils (en haut à gauche)
L’outil sera affiché dans le panneau central Galaxy.
Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)
Trois sorties apparaîtront dans votre panneau d’historique à droite.
Visualisation de graphiques
Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, cliquer sur IVR plot
Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.
L’inforamtion est affichée dans le panneau du milieu
En haut du panneau Historique (à droite) allez sur le champ de recherche
Tapez le nom de votre site (par exemple “Bilfot”)
Si rien ne s’affiche, cliquez sur show hidden (juste sous le nom de l’historique dans le panneau Historique)
Pour vos rapports, vous pouvez télécharger ceux que vous souhaitez. Vous ne pourrez pas les visualiser directement sur le panneau central Galaxy car le format docx n’est pas pris en charge !
Téléchargement des résultats
Cliquez sur la sortie qui vous intéresse par exemple Rapports
Cliquez sur galaxy-save (télécharger)
Calcul du coefficient de dissimilarité pour chaque site
Dissimilarité
Nettoyez vos données, puis calculez le coefficient de dissimilarité.
Utiliser l’outil Dissimilarity ( Galaxy version 0.0.0)
En pratique: Calculer des index de dissimilarité
Dissimilarity ( Galaxy version 0.0.0) avec les paramètres suivants:
param-select“Do you have data after the year 2021 ?”: No
param-text“Until when do you have data (write only the YEAR) ?”: 2021
Cliquer sur Execute (cela peut prendre quelques minutes à traiter c’est normal si vous devez attendre un peu surtout si votre connexion internet est faible)
Visualisation des graphiques
Une fois que les jeux de données sont affichés en vert dans l’historique, choisissez les figures que vous souhaitez visualiser.
Puis, cliquer sur l’icone galaxy-eye (oeil) de votre fichier de sortie dans l’historique.
Les informations sont affichées dans le panneau central
Further information, including links to documentation and original publications, regarding the tools, analysis techniques and the interpretation of results described in this tutorial can be found here.
Retours
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Hiltemann, Saskia, Rasche, Helena et al., 2023 Galaxy Training: A Powerful Framework for Teaching! PLOS Computational Biology 10.1371/journal.pcbi.1010752
Batut et al., 2018 Community-Driven Data Analysis Training for Biology Cell Systems 10.1016/j.cels.2018.05.012
@misc{ecology-champs-blocs,
author = "Marie Josse and Yvan Le Bras",
title = "Production d'indicateurs champs de bloc (Galaxy Training Materials)",
year = "",
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day = ""
url = "\url{https://training.galaxyproject.org/training-material/topics/ecology/tutorials/champs-blocs/tutorial_FR.html}",
note = "[Online; accessed TODAY]"
}
@article{Hiltemann_2023,
doi = {10.1371/journal.pcbi.1010752},
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year = 2023,
month = {jan},
publisher = {Public Library of Science ({PLoS})},
volume = {19},
number = {1},
pages = {e1010752},
author = {Saskia Hiltemann and Helena Rasche and Simon Gladman and Hans-Rudolf Hotz and Delphine Larivi{\`{e}}re and Daniel Blankenberg and Pratik D. Jagtap and Thomas Wollmann and Anthony Bretaudeau and Nadia Gou{\'{e}} and Timothy J. Griffin and Coline Royaux and Yvan Le Bras and Subina Mehta and Anna Syme and Frederik Coppens and Bert Droesbeke and Nicola Soranzo and Wendi Bacon and Fotis Psomopoulos and Crist{\'{o}}bal Gallardo-Alba and John Davis and Melanie Christine Föll and Matthias Fahrner and Maria A. Doyle and Beatriz Serrano-Solano and Anne Claire Fouilloux and Peter van Heusden and Wolfgang Maier and Dave Clements and Florian Heyl and Björn Grüning and B{\'{e}}r{\'{e}}nice Batut and},
editor = {Francis Ouellette},
title = {Galaxy Training: A powerful framework for teaching!},
journal = {PLoS Comput Biol} Computational Biology}
}
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You can use Ephemeris's shed-tools install command to install the tools used in this tutorial.
Marie Josse
Yvan Le Bras
Questions:
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